Земснаряд, специально изготовленный на Цимлянском механическом заводе (Ростовская область), запущен в июле 2022 года. На протяжении четырех месяцев донные отложения собирали в специальные мешки — геотубы. Ил, добытый со дна водохранилища, можно использовать в качестве удобрения. Расчистив более 50 гектаров дна Черноисточинского водохранилища, специалисты выполнили половину от всего запланированного объема работ. Полностью очистка должна быть завершена осенью 2023 года.

Мероприятия комплексного плана по экологической реабилитации Черноисточинского и Верхне-Выйского водохранилищ были утверждены губернатором Свердловской области Евгением Куйвашевым в 2016 году и велись в основном за счет средств областного и муниципального бюджетов. Главе региона удалось обосновать необходимость проведения очистки ложа Черноисточинского водохранилища на федеральном уровне и получить одобрение Федерального агентства водных ресурсов. С 2020 года средства на экологическую реабилитацию водохранилища выделяются из федерального бюджета. Общая стоимость проекта — более 440 миллионов рублей.