Он родился 25 февраля 1845 года в селении Корсель в Швейцарии, в кантоне Невшатель, в семье клерка. После окончания школы будущий ученый уехал в Италию, куда его пригласили в качестве учителя. Но ненадолго: болезнь отца заставила Онисима вернуться в Невшатель — и выяснилось, что работы для него здесь не предвидится. Именно в этот момент в биографии Клера происходит «русский» поворот: приглашение, поступившее из России, приводит молодого швейцарца в столицу Российской империи. Там, впрочем, вакантное место оказывается занятым: дальше — работа в Москве в частном пансионе, в Ярославле — в женском училище, в Санкт-Петербурге —гувернером у князей Трубецких…

К этому времени определяются научные интересы Клера, лежавшие преимущественно в области естествознания. В Москве он сблизился с профессором Московского университета И. Кауфманом, секретарем Московского общества испытателей природы. В Ярославле О. Клер вошел в кружок местных натуралистов, возглавляемый А. Петровским, и в ноябре 1864 года стал одним из основателей «Общества для исследования Ярославской губернии в естественно-историческом отношении». Как отмечает биограф ученого Л. Зорина, именно в Ярославле Онисим Егорович «начал постоянно вести полевой дневник, занося туда свои флористические и фенологические наблюдения, краткие описания экскурсий». Опыт создания научного общества и систематические научные знания, приобретенные О. Е. Клером в Ярославле, оказались как нельзя кстати. На Урал, в Екатеринбург, он выезжает в 1867 году по приглашению попечителя Казанского учебного округа П. Шестакова. Здесь Онисим Егорович продолжает свою преподавательскую деятельность, работая в мужской гимназии и в реальном училище. К этому времени определяется и его личная жизнь: в октябре 1870 года Клер женился на Наталье Золотовой, дочери священника. Имел трех сыновей: Модеста (он стал краеведом, геологом и гидрологом), Георгия (зоолог и тенор-певец) и Владимира (зоолог, врач-гистолог), а также дочь Христину: она преподавала французский язык в Шадринске и была примером для своих учеников и коллег.

Но главное — на уральской земле Клер находит свое главное научное призвание. Сразу же после своего приезда на Урал 22-летний ученый начинает интересоваться всем, что связано с природой и историей неизведанного еще тогда горного края: познавательный интерес перерастает в стремление изучать и систематизировать все, что связано с уральским краеведением. В этом стремлении Клер нашел союзников и единомышленников: ими были новый директор гимназии В. Всеволодов, управляющий Горным училищем Н. Чупин, выдающиеся уральские интеллектуалы А. Миславский, А. Иосса и другие. Так, в стенах гимназии и по инициативе ее преподавателей появилось на свет Уральское общество любителей естествознания (УОЛЕ) и краеведческий музей. Став одним из членов-учредителей этого уникального во всех отношениях общества, Клер приложил огромные усилия, чтобы УОЛЕ организационно оформилось и превратилось в один из самых авторитетных научных центров страны. 3 января 1871 года, на первом рабочем заседании общества, его «отец-основатель» был избран ученым секретарем новорожденного уральского научного центра и занимал эту должность до 1989 года. Именно через Клера осуществлялись все контакты УОЛЕ с научной общественностью России и зарубежных стран. По инициативе Клера в эти же годы создается печатный орган УОЛЕ — «Записки Уральского общества любителей обществознания» (фактически Клер был главным редактором журнала). С 1873 по 1927 гг. вышли 40 томов «Записок» в 106 выпусках. Стремясь придать деятельности УОЛЕ не «провинциальный», а международный масштаб, Клер внес предложение, чтобы в «Записках» все русские тексты дублировались переводом или кратким изложением на французском языке. Сам ученый долгие годы совершенно безвозмездно выполнял эту работу. Его усилия не пропали втуне: журнал стал доступен и широкой европейской общественности.

За все время существования Уральского общества любителей естествознания в его рядах состояло более 2 500 членов. Почетными членами Общества являлись многие выдающиеся русские и ряд иностранных ученых: К. Тимирязев, Д. Менделеев, М. Павлова, Н. Пржевальский, И. Крашенинников,и др. При УОЛЕ работало несколько комиссий: метеорологическая, археологическая, сельскохозяйственная, комиссия по распространению естественно-исторических знаний, комиссия по охране памятников природы, по охране научных и художественных ценностей, комиссия по истории Екатеринбурга и ряд других. УОЛЕ создало на Урале широкую метеорологическую сеть, включавшую 61 станцию. Библиотека общества к 1925 году насчитывала более 80 000 томов. Благодаря деятельности УОЛЕ были организованы Урало-Сибирская научно-промышленная выставка (1887 г.); 1-й съезд музыкальных деятелей Урала (1921 г.); II областной съезд деятелей краеведения (1924 г.). Увы, в 1929 году, в рамках «монополизации» государством культурных мероприятий, УОЛЕ было закрыто…

Кардинальным был вклад Клера и в становление музея УОЛЕ, который он возглавлял с 1902 по 1905 гг. Благодаря постоянным целенаправленным усилиям своего «отца-основателя» музей стал богатейшим хранилищем исторических и природных экспонатов (по состоянию на 1910 год их в нем содержалось более 25 000!). Можно смело утверждать: сегодняшние краеведческий музей и музей природы, знакомые каждому екатеринбуржцу, – детище Клера. А самые «креативные» экспонаты – такие как скелеты мамонта и гигантского большерогого оленя или поразительные коллекции китайского прикладного искусства — появились «на брегах Исети» благодаря УОЛЕ.

На всем протяжении жизни на Урале Онисим Егорович не переставал заниматься научной деятельностью. Он собирал гербарии, осуществлял археологические раскопки. Опубликовал около 60 краеведческих трудов по ботанике, метеорологии, фенологии, археологии и палеонтологии. Из них можно выделить «Материалы о флоре Уральского края» (цикл из 7 статей), «Гончарное производство доисторического человека, жившего на городище у деревни Палкино на р. Исети», «Краткий обзор современного состояния естественно-исторического исследования Уральского края» и др. Велики заслуги Клера и перед краеведением Южного Урала: в 1918 г. благодаря его трудам было зарегистрировано Приуральское общество изучения местного края в Челябинске.
В 1909 году О. Клер был избран президентом УОЛЕ и оставался в этой должности вплоть до дня смерти. Ученый скоропостижно скончался от тифа в 1920 году. Популярность его была огромной. Он состоял членом более 20 научных обществ, был отмечен отечественными и зарубежными наградами — шведским орденом Полярной звезды, французским почетным знаком «Университетские пальмы»… Это один из тех светочей и подвижников, жизнь и деятельность которых всегда освещала российскую жизнь и не давала «угаснуть свече», особенно в провинции; в «третьей столице» он по праву должен был быть увековечен в бронзе. Что и произошло на этой неделе. Нашему выдающемуся земляку — Онисиму Клеру — установили бюст в Екатеринбурге.